美國FBI探員福克斯·穆德（大衛·杜楚尼 David Duchovny 飾）童年時曾經歷一起離奇神秘的綁架案他的妹妹薩曼莎在睡夢中被外星人劫持至今下落不明從此穆德便專注于神秘事件的研究并專門負責FBI總部的X檔案部門因穆德行事乖張難以駕馭FBI高層從聯邦調查局學院調來女性探員黛娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）表面上是協助穆德工作實際上是希望這名崇尚科學的理性探員能夠制約穆德的行為兩人最初的合作并不理想完全不同的思維模式時刻導致爭論的爆發但隨著各種離奇案件的出現以及兩人交往的加深穆德和斯科莉最終變成可以為對方出生入死的可靠伙伴…… 　　本片榮獲1996~1999年度美國作曲家、作家及出版商協會影視音樂獎電視劇集第一名以及其他電影節近70個獎項