工藤新一是全國著名的高中生偵探在一次追查黑衣人犯罪團伙時不幸被團伙成員發現擊暈后喂了神奇的藥水工藤新一變回了小孩新一找到了經常幫助他的阿笠博士博士為他度身打造不少間諜武器為了防止犯罪團伙對他進行報復新一決定隱姓埋名暗中追查他們希望能得到解藥一日新一 的女友毛利蘭來到了阿笠博士的家尋找男友的下落被小蘭撞見的新一情急之下編造了自己名叫江戶川柯南隨后柯南寄居在了小蘭家小蘭的父親毛利小五郎是一名私家偵探新一可以籍著和他一起四出辦案一起追查黑夜人的下落柯南在小學認識步美等小學生他們一起組織了一個少年偵探團向罪犯宣戰